En una medida de fuerte impacto y sin precedentes político y judicial, Claudio Bonadio dispuso una serie de detenciones y procesamientos en la causa por la denuncia que Alberto Nisman hizo poco antes de morir. El juez federal dispuso el procesamiento con prisión preventiva y desafuero para la expresidenta y actual senadora Cristina Kirchner, prisión domiciliaria para el excanciller Héctor Timerman.

Además de las detenciones del exSecretario de Legal y Técnica Carlos Zannini, el dirigente piquetero Luis D'Elia, el dirigente iraní Jorge "Yussuf" Khalil y el exlíder de Quebracho Fernando Esteche, que todavía no fue localizado por la policía. Bonadio decidió además el procesamiento sin prisión preventiva del exjefe de la Agencia Federal de inteligencia (AFI) Oscar Parrilli, de su segundo Juan Martín Mena, del diputado de La Cámpora Andrés Larroquey de la exProcuradora del Tesoro Angelina Abonna. Ninguno de ellos podrá salir del país.

Poco antes de ser encontrado muerto en su departamento de Puerto Madero, el 18 de enero de 2015, Nisman había denunciado a Cristina, a varios de sus funcionarios y dirigentes por presunto encubrimiento de los iraníes sospechosos de atentar contra la AMIA en 1994. NIsman había planteado en su denuncia que la firma del Memorando de Entendimiento con Irán le garantizaría impunidad a los acusados, a cambio de un aumento del comercio de granos y petróleo entre la Argentina y el país asiático.

El fiscal del caso, Gerardo Pollicita, habló de un "plan criminal" en el que acusa a Cristina como principal responsable, con la complicidad de sus funcionarios de ese momento, como Timerman y Zannini. Aunque también se refiere a "canales paralelos de comunicación y negociación, no oficiales", donde entran el resto de los involucrados, que no tenían cargos públicos, como D'Elia y Esteche.

Los involucrados en la trama por encubrimiento del atentado a la AMIA, en TN PIC