El primer templo en Nikkō, llamado Shihonryu-ji,^[1] fue fundado por el sacerdote budista Shodo Shonin (勝道上人, Shōdō shōnin^?) en el año 766. De acuerdo a la leyenda, Shodo Shonin llegó a Nikkō tras cruzar el río Daiya sobre el lomo de dos serpientes, enviadas por el dios Jinjaou, que se transformaron en el puente. Alrededor de Shihonryu-ji florecieron los asentamientos humanos y otros templos budistas y sintoístas. Shihonryu-ji cambió de nombre a Rinno-ji cuando se convirtió en un templo de la secta budista Tendai en el siglo XVII.

Durante los siguientes nueve siglos, Nikkō creció como un centro espiritual, hasta que el shōgun Tokugawa Ieyasu lo escogió como el lugar ideal para levantar su propio mausoleo. El mausoleo, llamado Tōshōgū, fue construido por su nieto, Tokugawa Iemitsu, en 1634. Tokugawa Iemitsu construyó el mausoleo con el máximo de esplendor que le fue posible, pues su intención era utilizarlo como una forma de reflejar la grandeza y el poderío del clan Tokugawa, y así impresionar a sus rivales.

Tokugawa Iemitsu tiene su mausoleo propio, llamado Taiyuin-byo. Este mausoleo fue terminado en 1653, dos años después de la muerte del shōgun, quien es llamado Taiyuin desde su muerte. Taiyuin-byo compite en magnificiencia y riqueza con Tōshōgū, y juntos hicieron que la palabra Nikkō trascendiera en Japón como sinónimo de esplendor.